Reformation und Erbstreit
Graf Wilhelm „der Reiche“ von Nassau-Dillenburg (1487-1559) begann zu Ende der 1520er Jahre damit, die lutherische Reformation im Siegerland einzuführen. Nach dessen Tod übernahm sein Sohn Johann VI. der Ältere (1536-1606) die Regierung. Unter seiner Herrschaft ging das Land in den 1570er Jahren vom lutherischen zum calvinistischen Bekenntnis über. 1609 wurde Johann VII. der Mittlere (1561-1623) Regent im Siegerland. Als sein Sohn Johann VIII. der Jüngere (1583-1638) 1613 zum Katholizismus übertrat, teilte Johann VII. sein Land in drei selbstständige Grafschaften auf, um das reformierte Bekenntnis zu bewahren.
Nach dem Tod seines Vaters im Jahr 1623 brachte Johann VIII. die gesamte Grafschaft unter seine Kontrolle und begann ihrer Rekatholisierung. Seinem Halbbruder Johann Moritz (1604-1679) gelang es jedoch mit Hilfe schwedischer Truppen, Nassau-Siegen zu besetzen und die Rekatholisierung rückgängig zu machen. Johann Moritz war es auch, der 1658 das Krönchen auf der Nikolaikirche stiftete.
Das Obere Schloss, Sitz der katholischen Herrscherlinie
Das Untere Schloss, wo die reformierte Linie residierte
Das Obere Schloss blieb derweil in katholischer Hand. Die vergoldete Wetterfahne auf der Welschen Haube bildete das katholische Gegenstück zum protestantischen Nikolaikirchturm mit dem Krönchen. Bis zum großen Stadtbrand 1695 wurden das Franziskanerkloster und die dortige Kirche St. Johannis von beiden Konfessionen für ihre Gottesdienste genutzt. Erst mit der Weihe der Marienkirche 1725 erhielten die katholischen Einwohner Siegens ein eigenes Gotteshaus. Die Grundsteinlegung übernahm der katholische Landesherr Fürst Wilhelm Hyazinth, der den Jesuitenorden mit dem Bau betraute. Finanzielle Probleme verzögerten die Fertigstellung, die über 20 Jahre in Anspruch nahm. Die St. Marienkirche ist die einzige katholische Kirche innerhalb der ehemaligen Stadtmauer.
Die „Welsche Haube“ mit der Wetterfahne
Das Krönchen auf der Nikolaikirche: Machtsymbol des reformierten Landesherrn Johann Moritz Fürst von Nassau-Siegen
Die konfessionellen Konflikte waren erst im 18. Jahrhundert beendet. 1707 verlor Wilhelm Hyacinth (1666-1743) sein Fürstentum, welches daraufhin an Friedrich Wilhelm I. Adolf (1680-1722) übergeben wurde. Sein Sohn Friedrich Wilhelm II. (1706-1734) war der letzte Fürst der reformierten Linie. Nach dessen Tod erbte Wilhelm IV. Fürst von Oranien und Nassau (1711-1751) seine Titel und Ländereien und gliederte sie seinem Fürstentum Oranien-Nassau ein.